L'état des fonds contemporains est organisé en quatre grands ensembles : les dossiers du maire, des élus et du conseil municipal dans un premier temps, les actes de la municipalité dans un deuxième temps, puis l'administration de la Ville et enfin, les établissements rattachés.
La première partie réunit les dossiers du maire et de son cabinet, ceux des élus et enfin, les dossiers de fonctionnement et de séances du conseil municipal et des instances de concertation, telles que les conseils des enfants et des jeunes.
Dans la deuxième partie, suivent les actes de la municipalité : délibérations (dans la collection des procès-verbaux des séances du conseil municipal) et arrêtés du maire.
La partie traitant de l'administration de la collectivité réunit les archives produites par les services municipaux et métropolitains agissant pour Bordeaux. Au sein des collectivités, les changements réguliers d'organigramme rendent impossible une présentation des archives calquée sur l'organisation des services. A donc été préféré un ordre alphabétique, non des services dont les dénominations varient, mais des principales fonctions administratives qui constituent les éléments les plus stables. Ces fonctions peuvent être assurées par des services municipaux (élections par exemple) ou depuis 2016 par des services communs de Bordeaux Métropole (ressources humaines et autres fonctions support par exemple).
Enfin, les archives qui ont été collectées auprès des établissements rattachés, constituent la dernière partie de cet état des fonds. On y trouve entre autres les dossiers du Centre Communal d'Action Sociale (CCAS).